Роман "Таємничий острів" завершує своєрідну трилогію про капітана Немо ("Діти капітана Гранта" і "Двадцять тисяч льє під водою". Головні персонажі роману — п’ятеро американців, котрі здійснили сміливу втечу з полону на повітряній кулі і потрапили на безлюдний острів. Історія цих людей незвичайна, оскільки на відміну від інших "робінзонів", які користувалися запасами та спорядженням загиблих кораблів, їм, за словами автора, потрібно було "з нічого створити всe".

Трійко дітлахів – Томас Вогняний, Марі Безстрашна, Віллі-розумник – і їхній вірний супутник папуга месьє Муді обожнюють море і таємниці. На справжньому маленькому кораблі вони часто виходять у море. Життя маленьких піратів сповнене захопливих пригод: то вони натрапили на «Летючого Голландця», то опинилися на безлюдному острові, то повернули власниці найбільший у світі діамант, то вполювали скриньку старого пірата Моргана. На долю малих шукачів пригод випаде чимало випробувань, і зрештою вони дізнаються, що ж дорожче за всі скарби світу.